乳酸菌大體上可分為兩大類。一類是動物源乳酸菌，一類是植物源乳酸菌。因為動物源取自動物，因菌種常處于相對不穩定狀態，其生物功效也較不穩定，且在大量食用時，很容易導致人體動物蛋白過敏，即排斥反應。而植物源乳酸菌，因為取自植物易被人體認可，不論攝取多大的量，人體不會產生異體蛋白排斥反應，且植物源乳酸菌比動物源者更具有活力，能比動物源多8倍的數量到達人體小腸內定植，從而發揮其強大而穩定的生物功效。